دانلود کتاب Comparative Gene Finding: Models, Algorithms and Implementation

ترجمه فارسی توضیحات (ترجمه ماشینی)

یافته های مقایسه ای ژن: مدل ها، الگوریتم ها و پیاده سازی

ژنومیکس مقایسه ای یک رشته نوظهور است که با انفجار تعداد توالی های بیولوژیکی ممکن تغذیه می شود. این امر منجر به تقاضای بسیار زیادی برای الگوریتم‌های رایانه‌ای سریع‌تر، کارآمدتر و قوی‌تر برای تجزیه و تحلیل این حجم عظیم از داده‌ها شده است.

این متن/مرجع منحصربه‌فرد، وضعیت هنر را توصیف می‌کند. در یافتن ژن محاسباتی، با تمرکز ویژه بر رویکردهای مقایسه ای. این کتاب با ارائه یک نمای کلی از روش‌های مختلفی که در این زمینه به کار می‌رود، و یک راهنمای مختصر در مورد چگونگی ساخت یاب‌های محاسباتی ژن، طیف گسترده‌ای از موضوعات از نظریه احتمال، آمار، نظریه اطلاعات، نظریه بهینه‌سازی و تحلیل عددی را پوشش می‌دهد. متن فرض می کند که خواننده پیشینه ای در بیوانفورماتیک، به ویژه در ریاضیات و آمار ریاضی دارد. دانش اولیه تجزیه و تحلیل، نظریه احتمالات و فرآیندهای تصادفی نیز به خواننده کمک می کند.

موضوعات و ویژگی ها:

• توضیح می‌دهد که چگونه الگوریتم‌ها و هم‌ترازی‌های توالی را می‌توان برای بهبود دقت یافتن ژن ترکیب کرد
• اصطلاحات بیولوژیکی را معرفی می‌کند. و مفاهیم در ژنتیک، و یک نمای کلی تاریخی از توسعه الگوریتم ارائه می‌کند
• ویژگی‌های ژنی که معمولاً توسط یک مدل ژن محاسباتی ثبت می‌شوند را بررسی می‌کند و مهم‌ترین موارد فرعی را توصیف می‌کند. مدل های مورد استفاده
• در مورد الگوریتم هایی که بیشتر برای یافتن ژن تک گونه استفاده می شوند بحث می کند
• رویکردها را بررسی می کند به هم‌ترازی‌های توالی دوتایی و چندگانه
• اصول آموزش پارامتر را توضیح می‌دهد، تعدادی از روش‌های مختلف تخمین پارامتر و بهینه‌سازی که معمولاً در ژن‌یابی استفاده می‌شود را پوشش می‌دهد.
• نحوه پیاده سازی ژن یاب مقایسه ای را نشان می دهد، مراحل مختلف و اقدامات ارزیابی دقت مختلف مورد استفاده برای اشکال زدایی و محک زدن نرم افزار را توضیح می دهد

این کتاب یک متن مفید برای دانشجویان کارشناسی ارشد است، بینش ها و مثال های ارزشمندی را برای محققانی که مایل به ورود سریع به این حوزه هستند، ارائه می دهد. علاوه بر تمرکز خاص بر روی جزئیات الگوریتمی پیرامون یافتن ژن محاسباتی، خوانندگان مقدمه ای بر مبانی زیست شناسی محاسباتی و تجزیه و تحلیل توالی بیولوژیکی و همچنین مروری بر کاربردهای مهم ریاضی و آماری در بیوانفورماتیک بدست می آورند. P>

دکتر Marina Axelson-Fisk دانشیار گروه علوم ریاضی دانشگاه فناوری چالمرز، گوتنبرگ، سوئد است.

Comparative Gene Finding: Models, Algorithms and Implementation

Comparative genomics is an emerging field, which is being fed by an explosion in the number of possible biological sequences. This has led to an immense demand for faster, more efficient and more robust computer algorithms to analyze this large amount of data.

This unique text/reference describes the state of the art in computational gene finding, with a particular focus on comparative approaches. Providing both an overview of the various methods that are applied in the field, and a concise guide on how computational gene finders are built, the book covers a broad range of topics from probability theory, statistics, information theory, optimization theory and numerical analysis. The text assumes the reader has some background in bioinformatics, especially in mathematics and mathematical statistics. A basic knowledge of analysis, probability theory and random processes would also aid the reader.

Topics and features:

• Describes how algorithms and sequence alignments can be combined to improve the accuracy of gene finding
• Introduces the basic biological terms and concepts in genetics, and provides an historical overview of algorithm development
• Explores the gene features most commonly captured by a computational gene model, and describes the most important sub-models used
• Discusses the algorithms most commonly used for single-species gene finding
• Investigates approaches to pairwise and multiple sequence alignments
• Explains the basics of parameter training, covering a number of the different parameter estimation and optimization techniques commonly used in gene finding
• Illustrates how to implement a comparative gene finder, explaining the different steps and various accuracy assessment measures used to debug and benchmark the software

A useful text for postgraduate students, this book provides valuable insights and examples for researchers wishing to enter the field quickly. In addition to the specific focus on the algorithmic details surrounding computational gene finding, readers obtain an introduction to the fundamentals of computational biology and biological sequence analysis, as well as an overview of the important mathematical and statistical applications in bioinformatics.

Dr. Marina Axelson-Fisk is an Associate Professor at the Department of Mathematical Sciences of Chalmers University of Technology, Gothenburg, Sweden.