دانلود کتاب Blast (Basic Local Alignment Search Tool)

ترجمه فارسی توضیحات (ترجمه ماشینی)

Blast (ابزار جستجوی اصلی ترازبندی محلی)

تشابه توالی ابزار قدرتمندی برای کشف عملکرد بیولوژیکی است. همانطور که یونانیان باستان از آناتومی مقایسه ای برای درک بدن انسان استفاده می کردند و زبان شناسان از سنگ روزتا برای رمزگشایی هیروگلیف های مصری استفاده می کردند، امروز نیز می توانیم از تجزیه و تحلیل توالی مقایسه ای برای درک ژنوم ها استفاده کنیم. BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)، یک بسته نرم افزاری پیچیده برای جستجوی سریع پایگاه داده های نوکلئوتیدی و پروتئینی است. یکی از مهم ترین بسته های نرم افزاری مورد استفاده در تحلیل توالی و بیوانفورماتیک است. با این حال، اکثر کاربران BLAST به ندرت فراتر از پارامترهای پیش فرض برنامه حرکت می کنند و هرگز از تمام قدرت آن استفاده نمی کنند. BLAST تنها کتابی است که به طور کامل به این مجموعه ابزار محبوب اختصاص داده شده است. این به زیست شناسان، دانشجویان زیست شناسی محاسباتی و متخصصان بیوانفورماتیک درک روشنی از BLAST و همچنین علمی که از آن پشتیبانی می کند، ارائه می دهد. این کتاب به شما نشان می‌دهد که چگونه از پارامترهای پیش‌فرض فراتر بروید، با استفاده از BLAST پاسخ‌های خاصی دریافت کنید و چگونه نتایج خود را تفسیر کنید. این کتاب همچنین شامل بخش‌های آموزشی و مرجعی است که NCBI-BLAST و WU-BLAST را پوشش می‌دهد، مطالب پس‌زمینه‌ای برای کمک به درک آمار پشت BLAST، اسکریپت‌های Perl برای کمک به آماده‌سازی داده‌ها و تجزیه و تحلیل نتایج، و نکات و ترفندهای زیادی برای پیکربندی BLAST برای رفع نیازهای تحقیقاتی شما. برخی از موضوعات تحت پوشش عبارتند از: * اصول اولیه BLAST و رابط وب NCBI * نحوه انتخاب پارامترهای جستجوی مناسب * برنامه های BLAST: BLASTN، BLASTP، BLASTX، TBLASTN، TBLASTX، PHI-BLAST، و PSI BLAST * مراجع دقیق BLAST، از جمله NCBI -BLAST و WU-BLAST * درک توالی های بیولوژیکی * تشابه توالی، همسانی، ماتریس های امتیازدهی، امتیازات و تکامل * همترازی توالی * محاسبه آمار BLAST * BLAST با قدرت صنعتی، از جمله توسعه برنامه های کاربردی با Perl و BLAST

Blast (Basic Local Alignment Search Tool)

Sequence similarity is a powerful tool for discovering biological function. Just as the ancient Greeks used comparative anatomy to understand the human body and linguists used the Rosetta stone to decipher Egyptian hieroglyphs, today we can use comparative sequence analysis to understand genomes. BLAST (Basic Local Alignment Search Tool), is a sophisticated software package for rapid searching of nucleotide and protein databases. It is one of the most important software packages used in sequence analysis and bioinformatics. Most users of BLAST, however, seldom move beyond the program’s default parameters, and never take advantage of its full power. BLAST is the only book completely devoted to this popular suite of tools. It offers biologists, computational biology students, and bioinformatics professionals a clear understanding of BLAST as well as the science it supports. This book shows you how to move beyond the default parameters, get specific answers using BLAST, and how to interpret your results. The book also contains tutorial and reference sections covering NCBI-BLAST and WU-BLAST, background material to help you understand the statistics behind BLAST, Perl scripts to help you prepare your data and analyze your results, and a wealth of tips and tricks for configuring BLAST to meet your own research needs. Some of the topics covered include: * BLAST basics and the NCBI web interface * How to select appropriate search parameters * BLAST programs: BLASTN, BLASTP, BLASTX, TBLASTN, TBLASTX, PHI-BLAST, and PSI BLAST * Detailed BLAST references, including NCBI-BLAST and WU-BLAST * Understanding biological sequences * Sequence similarity, homology, scoring matrices, scores, and evolution * Sequence Alignment * Calculating BLAST statistics * Industrial-strength BLAST, including developing applications with Perl and BLAST